Enquanto usava o Dropbox, fiquei pensando se havia uma ferramenta para sincronizar arquivos com o Amazon S3 para obter resiliência e confiabilidade (embora isso implique em custos).
Existe um serviço que permite acessar um bucket S3 com rsync, http://www.s3rsync.com/
Eles cobram pela entrada/saída de largura de banda e uma taxa horária (cobrada por minuto) pelo acesso aos seus servidores rsync no EC2 da Amazon. Por estar dentro do EC2, você não será cobrado pelo tráfego entre o bucket do S3 e os servidores deles, mas ainda terá que pagar os custos de armazenamento do S3 além das taxas.
Você pode querer conferir Jungle Disk . Você está pagando uma taxa a terceiros, mas eles oferecem uma ferramenta elegante para sincronização, apoiada por Amazon S3 e Rackspace Cloud .
Eu gosto do Dragon Disk. Ele sincroniza muitos outros ótimos recursos.
É gratuito e para inúmeras plataformas, incluindo PC, Mac e Linux.
Você pode ler uma resenha aqui.
Acho que o ExpanDrive http://www.expandrive.com/ faz exatamente o que você está procurando. Eu também recomendaria a recomendação do Jungle Disk - o bônus adicionado é a integração com o aplicativo para iPhone, etc., que o ExpanDrive não possui. Mas o ExpanDrive é uma taxa única, em oposição a um custo mensal.
Você pode usar o software encontrado em http://www.superflexible.com/ . Não é gratuito e, às vezes, não é o mais intuitivo de usar - principalmente por causa da infinidade de opções disponíveis.
Mas ele suporta a sincronização com o S3. Ele pode ser configurado para ser executado em intervalos definidos ou observar uma pasta em busca de alterações e você pode executá-lo como um serviço, para que fique praticamente invisível.